抗日戰爭勝利后，中國面臨著兩種命運、兩個前途的大決戰，斗爭的中心是建立一個什么樣的國家。面對這一形勢，中共提出了“和平、民主、團結”三大口號，制定并采取了爭取和平民主、反對內戰獨裁的基本方針，以爭取建設一個和平民主的新中國。在這歷史轉折關頭，解委會明確表明了自己的立場和主張。黃琪翔以現役高級軍官的身份第一個站出來公開聲明：“從此退役，絕不參加內戰。”章伯鈞9月14日對《新華日報》記者發表了關于時局的談話。指出：“現在全國局勢，正是中國歷史的轉折點，民主建國大業，任重道遠，經緯萬端，必須全民合作，黨派團結。任何形式之內戰及軍事行動，都將遭到國人之堅決反對。”當時，國共兩黨正在重慶進行談判，為實現和平統一大業，章伯鈞提出：“堅決要求國民黨立即結束黨治，實行民主，給人民以民主權利，并承認現有一切抗日民主黨派的合法地位。”

　　為迎接中國革命的新高潮，1947年2月，解委會（農工黨前身）召開第四次全國干部會議，會前在上海舉行了為期十天的預備會議。會上對黨的名稱和今后的路線問題爭論激烈。關于黨名，有的主張不改，有的主張改，會上提出了“工農民主黨”“平民黨”“中國民主黨”等十來個名稱。經反復討論，定黨名為中國農工民主黨：根據鄧演達的政治主張與革命的基本精神，黨多年來的奮斗都是代表農工平民的利益；農民問題是中國民主革命的核心問題，農民是中國革命最廣大的主力軍，工人是中國革命最先進的階級，必須把農民的革命要求與工人的最先進的革命意識和力量結合起來，作為整個革命的中心；農工民主與各被壓迫階層的民主是分不開的。農工民主不是農工民主專政，而是農民、工人與其他平民的聯合民主，它表明中國的民主革命，不是歐美式的資產階級的民主革命，而是進步的以社會主義為歸宿的民主革命。

　　新中國成立初期，鑒于成員結構的復雜性，各民主黨派進行了組織整頓和清理，“成員中的工人、農民、青年學生以及在部隊工作的成員”“停止與民主黨派的組織關系”。中國共產黨基于各民主黨派的歷史和現狀，提出了民主黨派組織發展應有所分工的主張。后經與中國共產黨協商，各民主黨派在尊重各自歷史的基礎上確定了組織發展對象和活動范圍的重點分工。

　　八個民主黨派中，農工黨的情況相對比較特殊一些。正如周恩來所說，“農工民主黨不同于中共以外別的黨派者，它是唯一具有革命傳統基礎的黨。”因此，建國初明確各民主黨派的重點分工，農工黨經歷了一個摸索過程，情況也較為特殊一些。1949年至1951年，農工黨黨務工作的重點是清理、整頓和健全組織。1951年12月，鑒于全黨整理基本完成，農工黨第六次全國干部會議通過了《關于發展組織的決議》，明確發展對象“以中下層的公教人員、專家、技術人員、小工商業者為主，同時向經濟建設部門作試行發展”。到1953年7月，農工黨黨員中有37.73%在文教部門，有33.17%在財經部門，有29.1%分散在政法部門、工商界和黨的各級機關。直到1956年2月，農工黨六屆二中全會才正式明確“以醫藥衛生界人員為聯系和發展重點”。

　　截至2019年9月底，農工黨全黨黨員17.37萬人，其中醫藥衛生界占55.96%，人口資源、生態環境領域占3.18%，界別特色更鮮明、黨員結構更優化。廣大黨員在各個領域建功立業、贏得榮譽，楊金龍、陳子江、董晨、張平、尚紅等5名黨員當選兩院院士，5名黨員榮獲全國五一勞動獎章，3名黨員被評為全國三八紅旗手，3名黨員被評為全國巾幗建功標兵，1名黨員榮獲何梁何利獎，一批建國前參加革命工作以及作出突出貢獻的黨員榮獲“慶祝中華人民共和國成立70周年紀念章”，13名黨員榮獲2018年度國家科學技術獎勵。